scGPT

已完成的下游任务

• 进行下游微调任务的实现（使用开源权重）、以及微调 ⏳ 2025-04-21 ✅ 2025-05-08
  • Annotation ✅ 2025-05-03
    • 官方环境运行 ✅ 2025-04-17
    • 适配环境运行 ✅ 2025-05-03
      • 解决模型结构报错，主要是 fash_attn ✅ 2025-04-20
      • h100运行 ✅ 2025-05-03
  • Attention_GRN ✅ 2025-05-12
    • 报错：cell-gears numpy 有问题 ⏳ 2025-05-09 ✅ 2025-05-12
    • 微调一版
    • 使用4090进行测评
    • 使用 scgpt_new 和 scgpt_py3.9 可以跑通，但是效果有点差
    • 加载模型时添加 domain_spec_batchnorm="batchnorm"
    • model.py 添加self.self_attn.batch_first = batch_first
  • GRN ✅ 2025-05-03
    • 数据集 ✅ 2025-04-22
    • h100运行 ✅ 2025-05-03
    • 最后一步需要联网
  • Batch Integration ✅ 2025-05-12
    • 数据集 ✅ 2025-04-22
    • h100运行 ✅ 2025-05-12
  • Multiomic Integration ✅ 2025-05-12
    • 数据集 ✅ 2025-05-06
    • 修复错误 ⏳ 2025-05-09 ✅ 2025-05-12
    • multiomic_model.py 添加 self.self_attn.batch_first = batch_first ✅ 2025-05-12
  • Perturbation Prediction ✅ 2025-05-12
    • 报错：cell-gears numpy 有问题 ⏳ 2025-05-09 ✅ 2025-05-12
    • model. py 添加 `self. self_attn. batch_first = batch_first